电子承兑汇票背书转让主要操作流程主要包括客户、开户行、人民银行电子承兑汇票系统，每个行为步骤都包括行为申请和行为回复这两个动作。根据天下通商贸提供资料显示，电子承兑汇票背书转让的大概流程是这样的，分六步：
1、承兑汇票背书人通过网上银行、银行柜台或其他电子终端登录，录入背书申请信息，使用背书人的数字证书加盖电子签名;
2、开户行审核背书人电子签名，通过后组成背书业务申请报文，使用开户行的数字证书加盖电子签名，并发给人民银行的电子商业汇票系统;
3、人民银行的电子商业汇票系统完成开户行电子签名是否准确有效、背书人是否是票据的持有人等审核后，将申请报文转发至被背书人开户行的接入系统;
4、被背书人开户行的接入系统核验报文的有效性，后将该申请信息通知或展示给被背书人，被背书人可以签收或者驳回该背书申请，并加盖自己的电子签名;
5、被背书人开户行的接入系统核验被背书人电子签名的有效性，核验通过后组成回复报文并加盖开户行的电子签名，将回复报文发往人民银行的电子商业汇票系统;
6、人民银行电子商业汇票系统核验签收报文的有效性后，如果为同意签收的回复报文，那么将票据所有人修改为被背书人并通知背书人;如果为驳回的回复报文，那么将驳回回复通知背书人。
在电子承兑汇票的被背书人发起回复之前，背书人和被背书人均可操作票据，即背书人可撤销背书申请，被背书人可回复(签收或驳回)背书申请，背书人与被背书人的电子汇票操作行为按照系统操作时间优先选择处理。
