7月1日，深交所向牧原股份下发年报问询函，要求牧原股份就公司货币资金、向关联方借款、预付款大幅增加等情况，说明是否存在偿债风险、相关交易是否具有商业实质等问题。
2019年末，牧原股份货币资金余额为109.33亿元，同比增长293.52%，主要原因是非公开发行募集资金、子公司吸收少数股权融资及经营积累所致，有息负债余额为71.63亿元，基本与去年持平。2019年内，牧原股份发生利息费用5.66亿元、利息收入0.42亿元。
深交所要求牧原股份以列表方式说明公司货币资金存放地点、存放类型、利率水平，是否存在质押、冻结等权利限制，是否存在与控股股东及关联人的共管账户，以及全面梳理并列示公司目前融资情况，包括但不限于融资渠道、利率、期限、用途等，并结合现金流与融资成本情况，说明公司是否存在偿债风险。同时，牧原股份需要结合公司货币资金及有息负债、利息费用及收入的利率水平等具体情况，量化说明公司利息收入远低于利息费用的原因及合理性。
对于牧原股份2月27日披露公告称，公司及控股子公司拟向关联方牧原实业集团有限公司申请借款额度不超过20亿元的情况，深交所要求牧原股份结合公司现有融资渠道的利率水平，说明公司向关联方借款的必要性及具体实施情况。
2019年末，牧原股份预付款项余额为5.08亿元，同比增长447.63%，主要系生产规模扩大，预付材料款增加所致。对此，深交所要求其结合公司采购金额、信用政策等情况，量化说明预付款项大幅增长的合理性，相关交易是否具有商业实质。
牧原股份2019年末在建工程余额为85.99亿元，同比增长133.65%，其中重要在建工程项目当期增加金额为54.90亿元、当期转入固定资产金额为32.29亿元。
深交所要求牧原股份补充列示其他在建工程项目当期增加及转入固定资产金额的明细情况，并结合现金流量表中购建固定资产、无形资产和其他长期资产支付的现金的具体资金流向，说明在建工程当期增加情况与上述现金流是否匹配。
2019年，牧原股份应付票据余额为33.59亿元，同比增长348.46%，其中商业承兑汇票余额为14.17亿元，同比增长83579.44%，应付账款余额为50.98亿元，同比增长87.94%。
深交所要求牧原股份结合公司采购模式及金额、信用政策等说明公司应付票据、商业承兑汇票、应付账款期末余额大幅增长的原因及合理性，是否存在向关联方开具商业承兑汇票的情况。
此外，深交所还对牧原股份合生产性生物资产增长、应付职工薪酬大幅增长、毛利率变化情况、关联交易等问题进行了问询。
值得注意的是，2020年一季度，牧原股份货币资金达到204.10亿，较2019年末增长了86.68%，而且短期借款104.65亿元，较2019年末增加62.09亿元，长期借款28.8亿元，较2019年末增加17.63亿元。2020年1月-3月累计新增借款79.34亿元。
根据深交所要求，牧原股份需要在7月8日前将有关说明材料报送中小板公司管理部并对外披露，同时抄报河南证监局上市公司监管处。
