再贴现制度的局限性体现在以下方面：
1.从控制货币供应量来看，再贴现制度并非一个理想的控制工具。首先，中央银行处于被动地位。商业银行是否有意愿到中央银行申请贴现，或者贴现多少，决定手商业银行，如果商业银行可以通过其他途径筹措资金，而不依赖于再贴现，则中央银行就不能有效地控制货币供应量。其次，增加对中央银行的压力。如商业银行依赖于中央银行再贴现，其增加了对中央银行的压力，从而削减了控制货币供应量的能力。再次，再贴现率高低有一定限度，而在经济繁荣或经济萧条时期，再贴现率无论高低，都无法限制或阻止商业银行向中央银行再贴现或借款，这也导致中央银行难以有效地控制货币供应量。
2.从对利率的影响看，调整再贴现利率，通常不能改变利率的结构，只能影响利率水平。即使影响利率水平，也必须具备两个假定条件：一是中央银行能随时准备按其规定的再贴现率自由地提供贷款，以此来调整对商业银行的放款量；二是商业银行为了尽可能地增加利润，愿意从中央银行借款。当市场利率高于再贴利率，而利差足以弥补承担的风险和放款管理费用时，商业银行就向中央银行借款然后再放出去：当市场利率高于再贴现率的利差，不足以弥补上述费用时，商业银行就从市场上收回放款，并偿还其向中央银行的借款，也只有在这样的条件下，中央银行的再贴现率才能支配市场利率。然而，实际情况也大相径庭。
3.就其弹性而言，再贴现制度是缺乏弹性的，（www.shengyuanbaoli.com）一方面，再贴现率的随时调整，通常会引起市场利率的经常性浮动，这会使企业或商业银行无所适从；另一方面，再贴现率不随时调整，又不宜于中央银行灵活地调节市场货币供应量，因此，再贴现制度的弹性是很小的。
上述决定了再贴现制度并不是十分理想的货币政策工具。
